Ambitieuse et innovante, l'Université de Lille réunit facultés, instituts et écoles de renom. Notre objectif : Construire une université internationale, rayonnante et attractive, ancrée dans son territoire et moteur du développement économique et socio-culturel. Faire le choix de l'Université de Lille, c'est rejoindre une communauté résolument tournée vers l'avenir et engagée pour l'excellence académique.
CDD d'un an
MISSIONS
Contribuer aux missions de la plateforme de bioinformatique Bilille, notamment pour le montage, la réalisation ou l'encadrement de projets d'analyse de données par des approches bioinformatiques au service des unité de recherche en Biologie et Santé de la métropole Lilloise.
Garantir le maintien et le développement des compétences en interne à la plateforme pour le traitement des nouvelles données massives générées dans le domaine Biologie et Santé.
ACTIVITÉS
- Assurer la réalisation, la conduite et l’encadrement de projets d'analyse de données en utilisant les outils de bioinformatique et bioanalyse les plus adaptés.
- Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, brevets, publications, présentations orales.
- Participer au montage de projets collaboratifs.
- Orienter et conseiller les utilisateurs pour la mise en œuvre des méthodes d'études et d'interprétation des résultats.
- Assurer et organiser la veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité.
- Diffuser les bonnes pratiques bioinformatiques auprès des autres personnels de la plateforme.
Activités Associées
- Contribuer à l'activité de formation de la plateforme, par l'intervention dans les formations existantes et le montage de nouvelles formations.
- Contribuer à l’activité de développement de ressources originales (bases de données, packages, logiciels, workflows) au service de la communauté de recherche en biologie et santé, à l’échelle locale, nationale et internationale.
- Assurer le support aux utilisateurs pour l’utilisation des ressources mises à disposition par la plateforme (cloud, cluster...).
- Contribuer à la mise en place d'une démarche qualité.
- Animer des réseaux professionnels d'échange de compétences (séminaires scientifiques et techniques, ...).
- Participer et contribuer aux activités et groupes de travail des infrastructures nationales (IFB) et internationales (ELIXIR).
Particularités du poste
- Rotation des ingénieurs sur les 3 sites lillois: Cité scientifique, Campus santé et Campus pasteur.
- Travail prolongé sur écran, avec risques associés (vision, posture, isolement).
- Obligation de respecter le secret professionnel et les contraintes de calendrier (Charge de travail variable) liés aux projets.
- Connaissances des divers domaines -omiques (génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique, métagénomique).
- Connaissance des outils usuels de bioinformatique : analyse de séquences, annotation, phylogénie, bioinformatique structurale,...
- Connaissances générales en biologie.
- Connaissances générales sur les SGBD (oracle, postgresql).
- Maitrise des bonnes pratiques de développement et de gestion de projet.
- Maitrise des bonnes pratiques pour l'encadrement (ingénieurs, stagiaires).
- Environnement et réseaux professionnels.
- Culture du domaine.
- Langue anglaise : B2.
- Utiliser les outils d’analyse courants pour les données omiques (notamment séquençage à haut débit).
- Utiliser les outils de calcul intensif.
- Utiliser des gestionnaires de workflows scientifiques (Galaxy, snakemake, nextflow, ...).
- Maitrise de Python et d’au moins un autre langage de programmation (Java, C++, R, Bash, ...).
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats.
- Assurer une veille technique et scientifique.
- Appliquer et contribuer à une démarche qualité.
- Concevoir des ressources et outils pédagogiques.
- Aisance rédactionnelle.
- Capacité à travailler en équipe et à l’interface entre plusieurs disciplines.
- Capacité à encadrer d'autres ingénieurs, stagiaires sur des projets.
- Capacité à transmettre ses connaissances en s'adaptant à son interlocuteur.
- Capacité de conceptualisation / Créativité / Sens de l'innovation.
- Sens critique.
- Autonomie et sens de l’initiative.
- Faculté d’adaptation et sens de l’organisation.
Bac +5 exigé : Master, diplôme d'ingénieur ou doctorat dans le domaine de la bioinformatique.
Idéalement première expérience d'au moins 12 mois en milieu professionnel en l'absence de thèse.